传说洪水是水神共工因为没有争到帝位造成的，鲧为了治理洪水，从天帝那里偷来了息壤，息壤是一种能够自己生长的土，鲧用息壤来堵塞洪水。没想到天帝发现息壤被盗很生气，让火神祝融把鲧杀死在羽山。鲧死后尸体三年不腐，有人用吴刀把他的尸体剖开，从鲧的肚子里生出了禹，而鲧的尸体则化作了黄龙（还有说化作了黄熊，化作了三条腿的鳖，化作了黑鱼）。另一种说法是鲧娶了有莘氏之女，有莘氏吞了一颗珍珠（有说是薏苡仁）后怀孕了，从后背（有说是肋下）生出了禹。
大禹治水的时候，天上的应龙（有翅膀的龙，一说是有千年寿命的龙、黄龙）来帮忙，它用尾巴在大地上一划，就能划出河道，疏导洪水，一只黑色的大乌龟跟在后面，负责驮泥土。水流到龙门这个地方的时候被石山挡住，大禹把龙门凿开，让河水得以流过。
大禹三十岁的时候路过涂山，遇到一只九尾白狐。他认为这是上天的启示，就娶了涂山氏之女为妻，结婚四天后，大禹就返回到治水一线工作去了。传说涂山氏女叫做女娇，大禹在外工作老不回家，女娇站在涂山南面等他，唱出了一首情歌:“候人兮猗。”
涂山氏怀孕了，去工地上看望大禹，要给他送饭，这时候大禹正在开凿挡住水路的轩辕山。他对妻子说，听到鼓声响再来。为了加快进度，大禹变成一头大熊凿山，正好一块石头滚下来敲响了鼓。涂山氏高高兴兴的带着饭，上山去找丈夫，结果看到的却是一头凿山的大熊。她又惭愧又害怕，惊慌失措转身就逃，跑到嵩高山下，变成了一块石头。大禹追过来对着石头说，把我的孩子还给我。石头从北边裂开，真的生出了个小孩。因为是石头打开生出来的，所以这个小孩叫启。
共工手下有一只叫相柳（也称相繇）的怪兽，类似于希腊神话的海德拉，是一条青色的大蛇，长着九个脑袋，每个脑袋都有一张人脸。相柳一次能吃掉九座山一样的食物，它不停的吐出苦水，所在的地方都化为了沼泽，百兽都不能生存。大禹为了治水，杀死了相柳。相柳的血又腥又丑，流过的地方寸草不生。大禹用土掩埋了三次都不管用，只好把那地方挖成了一个大池子。
大禹在会稽山大会诸侯，防风氏的首领迟到（一说没有参加），被大禹给杀掉了。防风氏是巨人族，一节骨头就要装一辆车。后来到了春秋时期，吴越相争。吴国攻占了越国的会稽城，得到了一种巨大的骨头，一个骨节就要用一辆车来装。吴国人不认识这是什么骨头，正好有使者去鲁国出使，就问孔子，什么骨头最大？孔子就讲了大禹诛杀防风氏的故事。使者又问究竟能有多大？孔子估算着防风氏的身长大概有3丈高（约和现在6米高）。留史君强烈怀疑这是古人发现恐龙化石了……
这个故事还有后续，晋代张华《博物志》记载：大禹坐着两条龙拉的车兜风，路过防风国的时候，有两个防风氏的臣民为了给首领报仇，用箭射向大禹，虽然没有射中，但是把两条龙给吓跑了。那两个防风氏的人见行刺失败，就用刀戳进自己的胸口自杀了。大禹怜惜他们的行为，用不死草把他们救活了。这两人活是活了，就是胸口有个透明窟窿，这就是《山海经》记载的贯胸国的来历。
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