一、故事简介
这本书的故事衔接第一部结尾，程复驾驶的夸父农场N33号到达了一个名为“新大陆”的地方，以他死去的父亲——程成的身份。
上一部的末尾，程复的记忆再度被篡改成父亲的记忆，但他自己的记忆仍然保留着，而他为了不打草惊蛇，便假装失忆。
在“新大陆”，程复被当地国防部长任命为教育厅督导，配合厅长筹划建立教育体系。在教育厅，程复见到了众多被基因复活的名人：孔子、爱因斯坦、达·芬奇、孙武等人，幽默感极高的孔子，也为程复的生活带来了一丝光明，再加上“懂事”的秘书时不时带他去保健养生，这小日子过得可谓是“岂不美哉”。
但你程复身为人类的救世主，上苍哪能让你那么不思进取？很快，“新大陆”的内斗就开始了，程复同学在这个过程中，以孔老爷子的牺牲为代价，回到了上部中提到的“祖国”——利莫里亚。
结果前脚刚一着陆，上一部中跌落悬崖、这部中与程复再会的樱子同学就因为自己是“慧人”的身份领了盒饭，后脚程复就以“叛徒”的身份被处决了。
但凭借主角光环的强大能力，程复同学获得了一次续命加成的机会，他生前的记忆，被全部复制下来，移植到了他父亲的战友赵德义的儿子——赵仲明的大脑内。
他将以赵仲明的身体和身份，在利莫里亚这片充斥着谎言的大陆上，从中抽丝剥茧找到全部的真相……
二、人物
这一部中，作者为我们打开了更庞大更开阔的局面，也增加了一些新的人物。他们有些是人类，有些则是“复制人”。他们每个人都各自带着目的，每个人的身上都有着一段故事。这些故事交错碰撞在一起，解开上一部的谜团的同时，也带来了一些吊人胃口的新谜团。
三、背后人心
①这一部中，作者借国防部长白继臣之口，阐述了人类为何会与Ai爆发战争：态度不同。
“一方认为，Ai永远是工具，是机器；而另一方，由于情感Ai走入生活，甚至一些人愿意与机器结婚，便萌生了为Ai争取人权的思想，并在一些国家地区开始推行……这场战役，是智人内部的战争，是两种看待Ai观点的战争——从这次失败中，我们难道不能明白什么吗？
“人类，一旦存在两条路线，两种意见，两方的观点，就一定会引发巨大的矛盾，为衰落和灭亡埋下伏笔！”
（道不同，不相为谋。所以和白部长意见不一致的同学都领盒饭了。）
②阅读过程中，被基因复活的孔子作为“开心果”时不时会跳出一些惹人会心一笑的幽默语句，缓和一下沉重的气氛。
“你们战胜敌人依靠的是武器和战术，但未来，再造人类文明，却不能依靠这些，老师的思想，这时候就有用处了！”
（子之语甚是有理！）
“什么子不子，都什么年代的称呼了，你可以喊我Mr.Kong，或者就叫我孔丘、孔老二、二郎、二哥，也未尝不可。”
（突然想起我二姑就被人叫“孔老二”……）
“我的那帮徒子徒孙，真是脑壳秀逗嘞！尽信书不如无书，早知道他们要整理我的话出一本《论语》，那我说话肯定就很谨慎了……于是近现代很多人，都把中国的科技落后归罪于我孔丘……冤啊，我比窦娥还冤，冤得我想骂人！”
（到底啥原因，不就是钱没到位吗？这锅孔丘不背！让钱背！）
③程复回到“祖国”的时候，却没有受到任何欢迎，相反还受到了非人的虐待，落得个“含恨而终”的结局……这期间，他的一些内心活动变化，是引人深思的。
“我曾想过，祖国即便再残破，也是我的家，也是所有人类的家。我不图富贵，只愿谋一份能糊口的差事，有一间能和张颂玲一起生活的房子。开始的生活肯定总是艰难的，但我相信，凭着自己的努力和坚持，一定能够让她过上温饱的日子。”
（同学，“理想很丰满，现实很骨感”这句话确定不了解一下？作为末世的领袖人物，咋还那么天真烂漫呢？你最大的弱点，就是太容易相信别人！缺乏主见是很危险的，也就你拿着主角剧本才没领盒饭啊！）
“我或许是世界上最可笑的人，我整天念叨着回到祖国，然而真的回到了祖国，却成了一名阶下囚。想见的人见不到，说了实话竟然没人信，稀里糊涂就要走上法庭接受审判，罪名不言自明……
“是我傻了，还是他们疯了？人类对于Ai的恐惧，竟然已经到了这种地步？难道人类的命运，注定只有失败一条路可走？”
（同学，又或许是你太单纯，生活太幸福，理解不了水深火热中的人民……当人被逼到绝境，为了生存必然不择手段。）
“我没有背叛我的祖国，更没和Ai联合政府暗通款曲！然而，就算我真的是个叛徒，真的是个间谍，就真的值得他们如此仇恨吗？
“抑或，他们恨我是个骗子，恨我抹杀了他们心中英雄的伟业，恨我没有看到他们眼中的战争，恨我没有和他们一样愤怒？仅仅这些，就值得他们如此仇恨？”
（同学，我知道你冤，但你第二句开始就有拉仇恨的嫌疑了——
人类现在被Ai打得节节败退，多少人流离失所？他们肯定恨透了Ai，要是他们当中知道有人为Ai充当间谍，那肯定得平了他家祖坟没商量。这就好比你好不容易用毕生积蓄买了套房子，结果才刚在里面上个厕所就被人拆成露天的了，保险公司和政府还不负责你的损失，你会不恨对方？
“仅仅这些”难道还不够吗？你只要卷入其中，即使只是围观者，也是参与的人之一，群体中的人肯定会对意见不一致的人仇恨到底的。）
四、结尾
小说的结尾，仍然留下了众多尚未揭开的谜团：
①二十多年前，程成为何建造了那座水下基地？
②“张颂玲”（施云）一行人的下落？真正的张颂玲当年制造那批AI Killer的计划，为何突然中止？
③程雪到底是什么身份？
④樱子去了哪里？她会以什么面貌重新出现呢？
⑤自称“张颂玲”父亲的神秘人，到底是什么身份？他又有什么样的目的呢？
⑥“祖国”的真相，到底是怎样的？
⑦第1部中，那群老鼠为何对程复等人围而不攻？
⑧朴信武为什么和程雪一样，念出了那首“英雄从天而降……海中龙鱼欢唱”的预言诗？难道他们认识？
程复能否在重重迷雾中寻找到隐藏的真相？
人类与AI的战争，又将以怎样的方式结束？
终局之时，获胜方又将付出怎么样的代价？
希望这些，能在作为结局篇的《AI迷航3》中，揭开谜底！
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