漏洞一：卢浮宫前金字塔上所嵌的玻璃总数
原作中写道：‘He wondered if Fache had any idea that this pyramid, at President Mitterrand’s explicit demand, had been constructed of exactly 666 panes of glass–a bizarre request that had always been a hot topic among conspiracy buffs who claimed 666 was the number of Satan’
其声称塔上所嵌的玻璃总数精确为666块，而在圣经中666是魔鬼撒旦的标志；
真相：实际上卢浮宫前金字塔所嵌的玻璃总数却是（603块钻石形玻璃+70三角形玻璃）=673块
漏洞二：锡山隐休会，秘密档案和圣殿骑士
书中提到在1975年，巴黎的国家图书馆发现了一批被称为「秘密档案」 (Les Dossiers Secrets) 的羊皮纸文献。文献当中提及一个创立于1099年的欧洲秘密会社，名叫「锡安会」，其成员包括牛顿、波提且利、雨果、以及达芬奇
真相： 所谓的「秘密档案」中的历史文献早已于1993年被法国政府证实是由一名叫做普兰他特 (Pierre Plantard) 的法国男子捏造出来的伪资料，目的为要表明他是法国达戈贝特二世 (Dagobert II) 的后裔，因此他名正言顺是法国的合法国王。普兰他特后来被控伪造假文件，最后锒铛入狱。
「锡安隐修会」这个组织的确是有，但成立时间是在50年前（即1950年）而非书中所说的1099年。因此达芬奇当然不可能是其中的成员咯。从这里一样推论出所谓圣殿骑士是「锡安隐修会」的爪牙一说亦是无中生有，因为年代差了十万八千里。
附圣殿骑士的历史资料：
圣殿骑士团是在十字军出现以后，所衍生出来的一种军事化的修道院组织，它成立的目的主要是为了保护圣殿与朝圣者、并攻击回教徒。
历史上共有3个圣殿骑士团：
1113年成立的圣约翰骑士团（Knights of St. John），是耶路撒冷圣约翰医院属下的一支军事修道院组织，因此它又称为「耶路撒冷骑士团」(Knights of Jerusalem)或「慈善骑士团」 (Knights Hospitalers)，是十字军为保护有病患的朝圣者而设。所穿服饰与纹章是黑袍+白色十字，所以又叫「白十字骑士团」 (Knights of the White Cross)。
1118年成立的圣殿骑士团（Knights Templars），又称为「所罗门圣殿骑士团」 (Knights of the Temple of Solomon)，成员须一生恪守「贞洁、贫穷、顺服」，所以又称为「基督的贫苦骑士团」(Poor Knights of Christ)，所穿服饰与纹章是白袍+红色十字。红色十字乃代表殉道，所以又叫「红十字骑士团」 (Knights of the Red Cross)。《达芬奇密码》书中所指的就是这个组织。
1190年驻耶路撒冷的日耳曼族丢顿人所设立的「圣玛利亚医院骑士团」 (Knights of the Hospital of St. Mary of the Teutons in Jerusalem) 简称丢顿骑士团 (Teutonic Knights)。所穿服饰与纹章是白袍+黑色十字。
主后1095年，当时的教皇乌班二世发动第一次十字军东征，誓要为重夺耶路撒冷圣墓堂而战，十字军于1099年凯旋而归。
12世纪开始，宗教观光业是当时耶路撒冷最大的税收来源。1118年，300名朝圣者在前往耶路撒冷途中遭回教徒杀害。之后一位来自法国香槟区的骑士，巴勇(Hugh de Payens)请求当时的耶路撒冷国王鲍德温二世(Baldwin II)成立宗教教团，保护前往耶路撒冷的朝圣者。国王允准他的要求，巴勇联同约30名骑士组成了第一批的「基督的贫苦骑士团」团员，身份皆为武僧，主要职务乃维持朝圣道路安全。鲍德温二世把他们安置在王宫的侧厅，即圣殿区以前清真寺所在之处，所以骑士团又被称为「耶路撒冷所罗门圣殿骑士团」。
初期的骑士都是真正的武士，恪守一生为上帝效力、对基督「贞洁、贫穷、顺服」的誓言，大家对在圣殿骑士战场上的英勇赞美有加，欧洲各地纷纷捐献，支持圣殿骑士团在各地区组织分会。之后骑士团因富有而变质，他们拥有庞大地产，是法国及英国贵族的银行家，他们变得骄横贪婪，也不再照顾朝圣道路安全。
1306年，法皇菲力四世国库空虚，垂涎圣殿骑士团的丰厚资产。1307年10月13日，菲力四世下令逮捕全法国境内的圣殿骑士团成员，包括圣殿骑士团首领杰克•莫莱 (Jacques de Molay)。1310年5月12日，54名圣殿骑士团成员被菲力四世判处火刑。1314年3月18日，杰克•莫莱在巴黎遭处火刑。随著他的死，圣殿骑士团也宣告结束。
漏洞三：圣经书卷
书中提到康斯坦丁擅自篡改了圣经，把耶稣神化，删除了圣经中所描写耶稣人类特性的书卷。并提到原有80卷书卷被考虑收录入圣经新约福音书但最终只选择了四篇。那些未被载入的福音书（死海古卷）1950年代被发现。
真相：现圣经中的四本福音书被选原因是其为耶稣事件50年内所写的至今最古老书卷，其他未被选入皆写于一百年以后。且早在康斯坦丁前150年已有位神学家Irenaeus指出只有四本福音书，原话如下
- ” The Gospel is quadriform, meaning of course, four in number.“
同时死海古卷发现年份是1947年冬天。所谓80卷书卷也是无稽之谈。因为根本不可能有80卷那么多。
漏洞四：尼西亚会对耶稣属性的投票
原文‘“Right,“ Teabing said. “Jesus’ establishment as “the Son of God“ was officially proposed and voted on by the council of Nicaea.“’意思是耶稣作为神这个属性是由尼西亚会正式投票决定的。
真相：尼西亚会的确有过对耶稣的投票，可并不是为了决定耶稣是否是神，而是针对其是否跟父神永远同在。
漏洞五：圣杯
书中把圣杯Sangreal (San+Greal)这个字拆成：Sang+Real又说Sang的法文即是blood，而Real的意思是Royal，所以Sangreal字面意思可以解作「王室血脉」。
真相：丹•布朗只是说对了一半。Sang即是blood是对的，例如：sanguine是血红色。但是Royal的法文不是Real，而是Royale。因此正确的「王室血脉」法文应该是：“le sang royale”。
圣杯(Holy Grail)，或称为圣爵(=古代一种饮酒的器具)。在圣经相关书卷中从未提到过圣杯这个名词。在关于最后晚餐的新约记载中，用的只是‘cup’。
漏洞六：最后的晚餐
书中提到在达芬奇油画‘最后的晚餐‘中耶稣右边的人是抹大拉的玛利亚。
仔细看的确也觉得那个人蛮女性化的，但只是这样也不能说明这就是抹大拉的玛利亚。而且如果她是玛利亚的话，约翰哪去了？？？
漏洞七：耶稣与抹大拉玛利亚的关系
书中提到了未被选入圣经的菲利普福音（The gospel of Philip），当中写道耶稣非常喜爱抹大拉玛利亚并常常亲吻她的嘴唇，其他的使徒常常因此感到气恼和妒忌，问说‘为何你爱她更甚于我们？’
真相：菲利普福音写于耶稣后三百年因此未被选入。同时在此书卷上完全没有耶稣结婚的记载。而且，如果耶稣真的跟抹大拉玛利亚结婚了，更爱自己的妻子岂不是一件很正常的事情么？使徒们根本没必要如此发问。
同时任何历史资料上从未有耶稣结婚的记载。
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