1991年12月25日晚上，苏联国旗缓缓从克林姆林宫上降下，取而代之的是新成立的俄联邦旗帜。苏联倒下后，分裂成15个国家，如乌克兰、白俄罗斯、爱沙尼亚等国。新成立的俄联邦政权要尽力收拾苏联末期留下的一些烂摊子，以叶利钦为首的俄联邦高层在初期面临的问题颇多，一方面要处理苏联时期散落在各地的军事力量，也要尽力的挽救民生问题。正当俄联邦高层忙的焦头烂额的时候，一股暗流在高加索地区涌动，最终演变成俄联邦历史上最大的一次分裂战争。这场战争使得刚得以稍稍恢复的俄罗斯经济遭受重创，同时又使俄罗斯军队损失惨重。这场战争便是后来举世闻名的：“车臣战争。”
说起车臣战争，就不得不提到这场战争的诱导者，前苏联空军少将：“杜达耶夫”。此人在车臣境内出生，在年轻时参加苏联空军，后不断晋升，曾担任战略轰炸机师师长和爱沙尼亚驻军司令。在苏联解体前夕，政局已经一片混乱，前苏联高层正忙着互相争斗。此时杜达耶夫意识到有机可乘，便回到其家乡车臣共和国，开始他的“独立之旅”。在1991年9月，杜达耶夫带领自己的一部分属下回到了自己的家乡，依靠武力推翻了当地的苏联政府，同时组织了一场总统和议会选举，宣布自己当选“车臣共和国”的合法总统，并在当选总统后宣布车臣独立，并建立武装力量。
此后，杜达耶夫身为“车臣共和国”的总统，便处处与新成立俄联邦政府对峙，既宣布自己与俄联邦没有关系，同时也不接受俄联邦的条款，试图将“车臣共和国”从俄罗斯分裂出去，来获得彻底的独立。在1994年12月，俄联邦终于下定决心，正式出兵车臣，爆发了车臣战争。而这一仗，却直接把俄罗斯军队打出了心理阴影。杜达耶夫组建的车臣国民卫队，其核心力量是前苏联时期的老兵，以及熟知车臣当地环境的武装力量。而反过来看此时的俄军，编制混乱、军队后勤复杂，还没有完全从动荡中彻底恢复过来，这一仗的结果可想而知。
车臣战争一共分为两次，第一次俄军并未完全战胜车臣武装力量，1994年代的这次战争也被称为第一次车臣战争。在这次战争中，俄军先是选择了火力覆盖，将车臣武装力量躲藏的市区运用火箭炮、火炮炸平，许多来不及撤离的市民在俄军的炮火中死亡(战后估计10万人左右)。但是并未有效打击车臣武装力量的有生力量，随即俄军开进城区，展开了血腥的城市战，车臣士兵熟知当地环境，并且战争素养极高，很快就让俄军深陷了城市战的泥潭，这一打便打了一年之久。在1996年8月，叶利钦与车臣签署停火协定，第一次车臣战争正式结束。
在第一次车臣战争结束后，双方对伤亡情况进行了统计。俄军损失了4103人，受伤约18000人，还有近2000人失踪，各种装甲车辆和运输车辆损失几百辆。虽然与车臣签署了停火协定，但是俄联邦并未放弃对这一切的罪魁祸首：杜达耶夫的追捕，最终在1996年4月22日，杜达耶夫在打卫星电话的时候被俄罗斯预警机截获，在几分钟后，苏24战机发射了两枚导弹将杜达耶夫炸死。杜达耶夫虽然死了，但是车臣共和国和其武装力量依然存在。在1999年，车臣武装力量侵犯周边地区，俄军进一步镇压车臣力量，想要将车臣武装力量一举消灭，2000年中旬，车臣地区的大规模军事行动基本结束，俄联邦重新获得了车臣地区的控制权。
在第二次车臣战争后，俄联邦在当地建立了归顺俄联邦的政权，并且在当地常驻武装力量。第二次车臣战争结束后，俄罗斯在这次战争中阵亡3400余人。两次车臣战争下来，俄联邦军队损失近万人，直接的经济损失超500亿美元。两次车臣战争可谓俄联邦时期，俄罗斯的最大一次分裂战争。