朱棣虽然靠着北平这一小块的地盘逆袭成功，可他毕竟是犯上作乱，自己也受到了世人的诟病。作为非正统上位的君主，朱棣心里也一直都不放心，他为了自己的政权稳固，也是试图拉拢很多建文时期的旧臣。可有些人是买他的账，有些人是不买他的账，比如当时身为天下士人领袖的方孝孺，就坚决不受他的拉拢，和他对抗到底，最终也被朱棣给杀掉。方孝孺也是师从名门，他早年拜到宋濂门下，通过自己的努力和天赋，他很快就成为当时儒门的领袖。朱允炆继位之后，也立即请他到中枢任职，他这才成为国家的重臣。
在永乐靖难的期间，他确实发挥了一定的作用，自己书写了一些重要的檄文。在南京将要被攻下来的时候，朱棣身边重要的谋臣姚广孝就表示，坚决不能杀掉方孝孺，否则就会失去天下读书人的心。可朱棣还是把他给杀掉了，这到底是为什么呢?显然，这与方孝孺的身份有着极大的关系，其实方孝孺之死也是必然的结果，他已经没有太多的选择，哪怕是有姚广孝这样的重臣保护他，他也只有自己选择去死。
方孝孺在建文帝身边的作用其实没有那么大，他属于一个精神旗帜，真正发挥作用的人还是齐泰这些人。因此对朱棣来说，杀掉方孝孺的意义并不大，反正对方也没有给自己造成什么太大的危害，不过，朱棣起兵是打着清君侧的旗号，这是他成功的关键。他重点是要针对那几个协助皇帝去清理藩王的臣子，方孝孺在这里面也是排得比较靠前的。因此，朱棣打入南京之后，像齐泰这些人是必须要杀掉才行，否则的话，他就等于否定了自己，古代可是非常讲究师出有名的。他要做皇帝的话，必须要有足够的合法性，堵住天下人的嘴巴，所以他必须要杀掉这些人，方孝孺的存在，已经影响到这些靖难功臣与朱棣的合法性。
他不是一般的人，而是一个非常有名望的大儒，这样的人当初选择了支持建文帝，要是朱棣没有什么举动的话，随后就会有越来越多的人去影响他的统治。当然，朱棣也可以顶着压力留住方孝孺，可前提是方孝孺必须要维护新朝，拥护他的统治才行。这样一来，他就把问题抛给了方孝孺，而方孝孺就没有任何的选择余地了，他只有选择去死。方孝孺能在国内成名，靠得不单单是自己的才学，儒家在国内有着极高的地位，要想成为天下士子的领袖，就必须要修身又才学。方孝孺可以牺牲自己现实的利益，但他绝对不能牺牲自己的名誉，越是这样的人，越把名声看得是非常重。他支持建文帝后，就彻底被绑在了这条船上，建文帝才是他的君主，才是他必须要忠诚的那个人。
儒家最强调忠君，要是方孝孺反复横跳，立即投靠到朱棣的手下，那样他就会从天下士子的领袖，一下子转变为天下的笑话，他过往所有的名誉都会消失。显然，方孝孺不会去冒这样的险，他不可能接受自己失去名誉的结果，面对朱棣的要求，他除了拒绝之外，就没有任何的选择了。他选择了死亡，但他所得到的东西正是自己想要的，他死之后，自己的一系列著作都成为了禁书，可民间读书人依旧是怀念着他，很多人以他为榜样，冒死去收藏他的很多作品。后来朱高炽也为他平反，他还被放进了忠臣祠里面。死后留名，这也是很多古代士子所追求的东西，方孝孺当时只有这么做，才能保证自己的利益最大化。
他敢于用生命去捍卫自己所支持的东西，这就很值得人们尊敬了，方孝孺并不是济世之才，他没有诸葛亮这些人那么出色的能力，但他有着自己独特的地方。方孝孺一直都没有放弃读书人的骨气，这是他作为文人领袖应该具备的素质，读书人作为国家的重要阶层，他们不能缺乏骨气，历来确实不缺少没有骨气，反复变节的读书人，可正是因为有着方孝孺这样的人在，才能让忠诚的理念能一直影响到所有人。方孝孺的行为确实感染了无数的人，因此至今仍然有很多人对他的行为作出了很多美化。
方孝孺其实没有那么好，他不具备政治家所拥有的那种远见，也不懂得怎么去发挥自己的才能。要是他能做得更加理性一些，可能自己也不会落得这个下场，方孝孺的死纯粹就是政治斗争所导致的结果，这确实怪不了朱棣，也怪不了方孝孺自己，政治斗争就是这样，从来都不会讲仁慈的。朱棣若是不这么做，可能活下去的人就不是他了，哪怕他取得了胜利，坐上了皇位，他也时刻处在危险中，面对政敌他不得不这么狠辣，否则他就会被杀掉。如果方孝孺要是一开始就在朱棣的手下效力，他可能会发挥更大的作用了。