日本历史上共有三个幕府：镰仓幕府、室町幕府、江户幕府。有意思的是，镰仓幕府的统治中心镰仓和江户幕府的统治中心江户都位于日本的关东平原，只有室町幕府的统治中心位于大阪平原的京都。那么日本的室町幕府为什么要把统治中心设在京都呢?
元统元年(1333年)，镰仓幕府被以后醍醐天皇为盟主的倒幕联盟灭亡。后醍醐天皇成为拥有全国最高实权的天皇，也是幕府时代唯一拥有全国最高实权的天皇。后醍醐天皇倒幕后改元建武(东汉第一个年号)并推行改革，妄图像汉光武帝一样中兴大和王朝。
然而后醍醐天皇的“建武新政”基本是开历史的倒车，特别是严重损害了主导日本社会的武士阶层的利益。因此后醍醐天皇的“建武新政”只实行了不到一年就问题频出，而对后醍醐天皇彻底失望的大部分武士逐渐汇聚到武家领袖足利尊氏的麾下，准备再建幕府。
建武二年(1335年)，足利尊氏对后醍醐天皇举起反旗。四月，足利尊氏攻入京都迫使后醍醐天皇退位并被软禁，足利尊氏拥立光明天皇登基，自己控制实权，室町幕府实际上建立了。后醍醐天皇虽然看不清历史大趋势，但却是一个屡败屡战的不服输之人。
建武二年(1335年)十二月，后醍醐天皇逃出京都，在京都以南的吉野山复位。这样一来，京都有个天皇朝廷，吉野还有个天皇朝廷，两个天皇都自称合法。于是人们将京都的天皇朝廷称为“北朝”，吉野的天皇朝廷称为“南朝”，日本历史正式进入南北朝时代。
吉野山距离京都只有不到六十公里，南朝的主力大军一两天之内就能杀到京都，导致足利尊氏必须在京都部署大量武士和军队。由于室町幕府的大名联合体本质，只有幕府将军能勉强统率部署京都的武士和军队。无奈之下，足利尊氏只得把幕府的统治中心放在京都。
而在武士的“龙兴之地”关东平原，足利尊氏设置了名为“镰仓公方”的“微缩版征夷大将军”。幕府将军由嫡长子足利义诠及其子孙世袭，镰仓公方则有嫡次子足利基氏及其子孙世袭。足利尊氏的安排导致室町幕府此后是双将军并立，幕府中央只能统治大半个日本。
洪武二十五年(1392年)，室町幕府三代将军足利义满统一南北朝，南朝对京都的威胁基本解除。但由于镰仓公方的存在和幕府高层已经在京都形成了利益关系网，室町幕府的统治中心只能继续设在京都，室町幕府的统治中心直到灭亡也没有离开近畿。
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